Ученый совет является коллегиальным органом управления ФИПИ. В обязанности совета входит осуществление общего руководства институтом, а также надзор за выполнением ФИПИ всех возложенных на него функций.

Основные направления деятельности совета - обсуждение наиболее актуальных научных проблем и результатов наиболее важных научно-исследовательских работ, рассмотрение концепции развития ФИПИ, в том числе: обсуждение предложений о внесении изменений и дополнений в устав института, рассмотрение и утверждение планов научно-исследовательских и опытно-экспериментальных работ, прикладных исследований, образовательной и издательской деятельности ФИПИ, контроль за их выполнением.
В состав Ученого совета вошли представители Российской академии наук и Российской академии образования, Управления контроля качества образования Федеральной службы по надзору в сфере образования, преподаватели ведущих вузов Москвы (Высшей школы экономики (ГУ-ВШЭ), МГУ, МАИ, МГПУ, МИОО, РГГУ, РУДН).

Cостав Ученого совета ФИПИ.